El hallazgo arroja dudas sobre la teoría aceptada de que los neandertales desaparecieron de la existencia hace aproximadamente 30.000 años y fueron reemplazados por cromañón, los primeros humanos modernos tempranos.

Más bien, sugiere que los neandertales se cruzaron con los humanos modernos y se convirtieron en parte de nuestra familia, un hecho que tendría implicaciones dramáticas para los teóricos de la evolución de todo el mundo.

El descubrimiento se realizó en noviembre de 1998 cuando los arqueólogos João Maurício y Pedro Souto fueron al Valle de Lapedo para investigar informes sobre el hallazgo de pinturas rupestres prehistóricas, lo que resultó ser cierto. En el curso de sus investigaciones descubrieron un abrigo de piedra caliza, el sitio de Lagar Velho.

Los dos o tres metros superiores de su relleno habían sido arrasados en 1992 por el propietario del terreno, lo que dejó un resto de sedimento colgando en una fisura a lo largo de la pared trasera, pero contenía tal densidad de herramientas de piedra del Paleolítico superior, huesos de animales y carbón que quedó claro que Lagar Velho había sido un importante sitio de ocupación. Excavaciones posteriores confirmaron esto, produciendo fechas de radiocarbono de 23.170 a 20.220 años de edad.

Mientras recogían el material de la superficie que se había caído del remanente, João y Pedro inspeccionaron un hueco en la pared trasera. En los sedimentos sueltos recuperaron varios huesos pequeños manchados con ocre rojo que pensaron que podrían ser humanos. Esta resultó ser la tumba de un niño, el único entierro paleolítico encontrado en la Península Ibérica.

Este niño había sido cuidadosamente enterrado en una posición extendida en un pozo poco profundo para que la cabeza y los pies estuvieran más altos que las caderas. El cuerpo había sido colocado sobre una rama de pino silvestre quemada, probablemente en una piel cubierta de ocre rojo. El ocre era particularmente espeso alrededor de la cabeza y manchaba las superficies superior e inferior de los huesos.

Se encontró un cadáver completo de conejo entre las piernas del niño y se encontraron seis adornos: cuatro dientes de venado que parecen haber sido parte de un tocado y dos conchas de bígaro del Atlántico, que se cree que fueron parte de un colgante.

Se inició un proyecto de excavación para recuperar todos los restos del cuerpo del niño. El trabajo era difícil porque diminutas raíces de plantas habían penetrado en los huesos esponjosos. El tamizado de los sedimentos perturbados condujo a la recuperación de 160 fragmentos craneales, que constituyen alrededor del 80 por ciento del cráneo total. La excavadora había aplastado el cráneo pero, afortunadamente, no había alcanzado el resto del cuerpo por dos centímetros.

Una vez que se completó el proceso de recuperación, los restos óseos fueron enviados al antropólogo Erik Trinkaus de la Universidad de Washington para analizar los restos. Fue entonces cuando se hizo el descubrimiento más sorprendente. Trinkaus descubrió que la proporción de las extremidades inferiores no era la de un humano moderno, sino que se asemejaba a la de un neandertal. Por otro lado, la forma general del cráneo es moderna, al igual que la forma de su oído interno y las características de los dientes. Aunque el cráneo era más similar al de un humano moderno, se detectó una anomalía: una picadura en la región occipital que es un rasgo diagnóstico y genético de los neandertales.
Trinkaus concluyó que el niño Lapedo era un mosaico morfológico, un híbrido de neandertales y humanos anatómicamente modernos. Sin embargo, no se cree que las dos formas humanas hayan coexistido después de hace 28.000 años en Iberia. ¿Cómo podría el niño tener características de ambas formas? La pregunta dio lugar a un amargo debate entre los expertos, algunos de los cuales aceptaron que el descubrimiento del niño Lapedo demostró que los neandertales se cruzaron con los humanos modernos, mientras que otros se negaron a separarse de las opiniones arraigadas de que los neandertales se extinguieron y fueron reemplazados por otra especie. .

Hoy en día, la teoría más popular es que los restos son los de un niño moderno con rasgos neandertales heredados genéticamente, lo que significa que los últimos neandertales de Iberia (y sin duda de otras partes de Europa) contribuyeron al acervo genético de las poblaciones posteriores